גן לאומי ירקון מתפרש על 13,000 דונם בין תל אפק (אנטיפטריס), הסמוכה לראש העין, ועד מחלף מורשה.
בתוך שטח זה הוכשרו שני מתחמים לקהל: תל אפק בו המבצר הצופה על מעיינות הירקון, האגם, בריכות השכשוך ותחילתו של נחל עינת, ומתחם "מקורות הירקון" סביבתו של נחל הירקון על צמחייתו ובעלי החיים המאפיינים אותו.
בתל אפק מתקיימות לאורך השנה פעילויות נושא חוויתיות ובמקורות הירקון, ניתן ליהנות מחניון לילה מפנק. הלינה בהזמנה מראש באתר רשות הטבע והגנים.
משני מתחמי האתר, ניתן לצאת לכיוון בריכת הנופרים הנמצאת בניהם.
ההגעה אפשרית באופן רגלי בלבד והמרחק בין שער מתחם אחד לשני כ- 1 ק“מ. הכניסה חזרה למתחמים תתאפשר עד חצי שעה לפני שעת סגירת האתר.